Phylogenetic summary of protein families

This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Statistics about the gene tree nodes

Species# Nodes# speciation nodes# duplication nodes# dubious nodesNode typesAverage duplication confidence scoreAverage duplication confidence score (non-dubious nodes)
Animals and Fungi (Opisthokonta)2669238024940
46.5 %54.0 %
Bilateral animals (Bilateria)948671991467820
18.3 %28.5 %
Chordates (Chordata)944273381473631
16.4 %23.5 %
Ciona sea squirts (Ciona)8811739414170
77.6 %77.6 %
Vertebrates (Vertebrata)212221304053662816
14.2 %21.7 %
Jawed vertebrates (Gnathostomata)266231558753535683
9.5 %19.6 %
Bony vertebrates (Euteleostomi)395632580168686894
6.5 %13.0 %
Bony fishes (Actinopterygii)17078150561312710
13.6 %20.9 %
Ray-finned fishes (Neopterygii)16585147131246626
15.9 %23.9 %
Osteoglossocephalai304422172863452369
24.6 %33.7 %
Teleost fishes (Clupeocephala)411053098253334790
14.3 %27.2 %
Euteleosteomorpha285832535116981534
11.2 %21.3 %
Protacanthopterygii2278721508121861
47.8 %50.2 %
Trouts, salmons & chars (Salmoninae)10195978108214942357
62.4 %69.2 %
Oncorhynchus709656792430410
71.3 %71.3 %
Salmo345283249720310
77.6 %77.6 %
Teleost fishes (Acanthomorphata)20035181795701286
6.7 %21.8 %
Euacanthomorphacea25579202378834459
2.4 %14.6 %
Teleost fishes (Percomorphaceae)183071140907548036684
1.8 %13.9 %
Teleost fishes (Ovalentaria)40716390925691055
9.3 %26.6 %
Cichlids (Cichlidae)205331962981490
49.3 %54.7 %
Pseudocrenilabrinae484024342632491727
32.1 %49.1 %
Haplochromini636326200616260
61.7 %61.7 %
Damselfishes (Pomacentridae)394243887250151
53.2 %58.6 %
Amphiprion20258196286300
77.4 %77.4 %
Silverside fishes (Atherinomorphae)1948518912209364
13.3 %36.4 %
Killifishes and others (Cyprinodontiformes)2028919767316206
24.5 %40.5 %
Aplocheiloidei1476114711500
67.0 %67.0 %
Cyprinodontoidei4008739149822116
42.0 %47.9 %
Live-bearing aquarium fishes (Poeciliinae)2393022314982634
28.7 %47.2 %
Xiphophorus16615163352800
65.9 %65.9 %
Poecilia39222384577650
65.1 %65.1 %
Oryzias579805595020300
68.6 %68.6 %
Teleost fishes (Eupercaria)70681675963152770
4.3 %41.7 %
Eupercaria incertae sedis1377613753230
52.2 %52.2 %
Puffers (Tetraodontidae)14622144871350
70.0 %70.0 %
Perches and others (Perciformes)319463171859169
13.7 %53.0 %
Cottioidei1362013604160
62.5 %62.5 %
Carangaria319483156177310
9.2 %46.3 %
Pleuronectoidei47724760120
54.2 %54.2 %
Seriola20222197454770
72.7 %72.7 %
Anabantaria13409133651727
20.1 %52.0 %
Anabantoidei1125811169890
68.0 %68.0 %
Otomorpha2176820990381397
17.5 %35.8 %
Herrings and anchovies (Clupeiformes)15861157461150
62.6 %62.6 %
Teleost fishes (Otophysi)2203921501411127
33.3 %43.6 %
Characiphysae3822837585505138
41.3 %52.6 %
Characoidei19921195363850
69.5 %69.5 %
Cyprinoidei2153420274124614
68.2 %69.0 %
Cyprininae5215834948172100
89.0 %89.0 %
Bonytongues (Osteoglossiformes)195111789116200
81.8 %81.8 %
Lobe-finned fish (Sarcopterygii)1401312799456758
4.6 %12.4 %
Tetrapods (Tetrapoda)1716015326973861
8.4 %15.8 %
Amniotes (Amniota)312582207435625622
3.9 %10.2 %
Reptiles and birds (Sauria)263932134114003652
6.2 %22.5 %
Lizards & snakes (Lepidosauria)124681226813862
21.0 %30.4 %
Episquamata21062182089141940
12.7 %39.7 %
Laterata14041139411000
66.5 %66.5 %
Toxicofera12208120979813
36.3 %41.1 %
Elapidae33020305761631813
33.8 %50.6 %
Acanthophiinae14023138082150
65.3 %65.3 %
Birds and turtles (Archelosauria)1815717093324740
7.7 %25.4 %
Archosauria115611140849104
5.6 %17.4 %
Birds (Aves)1432813056307965
6.2 %25.7 %
Birds (Neognathae)47680459774491254
7.2 %27.2 %
Fowls (Galloanserae)144461426756123
10.3 %32.9 %
Waterfowl (Anatidae)12744125601840
66.3 %66.3 %
Turkeys (Phasianidae)26529261753540
60.2 %60.2 %
Perching birds (Passeriformes)44473399514204102
4.2 %45.4 %
Passeroidea78947868260
57.7 %57.7 %
Hidden-necked turtles (Cryptodira)1522214530581111
40.9 %48.7 %
Testudinoidea217411925014451046
29.5 %50.8 %
Tortoises (Testudinidae)15273150102630
64.4 %64.4 %
Terrapins (Emydidae)15968155334350
65.4 %65.4 %
Mammals (Mammalia)16089143946791016
8.5 %21.3 %
Marsupials and Placental mammals (Theria)213201839816911231
10.4 %18.0 %
Marsupials (Marsupialia)35560335931608359
44.4 %54.3 %
Diprotodontia30101295865150
72.2 %72.2 %
Placentals (Eutheria)7061045405602519180
2.5 %10.4 %
Xenarthran mammals (Xenarthra)833382211120
63.4 %63.4 %
African mammals (Afrotheria)22489223351540
63.2 %63.2 %
Placental mammals (Boreoeutheria)5519336945490013348
2.5 %9.5 %
Primates and Rodents (Euarchontoglires)471344093312514950
2.7 %13.2 %
Rodents and rabbits (Glires)1531014708134468
4.6 %20.9 %
Rodents (Rodentia)5258251366527689
13.0 %30.0 %
Sciuridae180441761641414
55.7 %57.5 %
Marmotini34101332238780
63.4 %63.4 %
Mice and others (Myomorpha)145741440510960
29.1 %45.2 %
Muroidea37906364621159285
39.1 %48.8 %
Cricetidae353193500123187
40.0 %55.0 %
Hamsters (Cricetinae)15889157491400
62.1 %62.1 %
Old World rodents (Murinae)193551866465536
54.5 %57.5 %
Mice (Mus)1913218631386115
41.7 %54.2 %
Mus575045638511190
61.4 %61.4 %
Guinea pigs and others (Hystricomorpha)46286458554310
58.2 %58.2 %
Rabbits, Hares and Pikas (Lagomorpha)1059710502950
67.4 %67.4 %
Primates (Primates)2120720202327678
6.2 %19.1 %
Dry-nosed primates (Haplorrhini)127541253912590
16.4 %28.2 %
Simians (Simiiformes)267502316423451241
22.5 %34.4 %
Apes and Old World monkeys (Catarrhini)276542471315921349
16.6 %30.7 %
Apes (Hominoidea)1925318365431457
19.9 %41.1 %
Great apes (Hominidae)1816117840203118
29.1 %46.0 %
Hominines (Homininae)3796837233508227
38.3 %55.4 %
Chimpanzees (Pan)18810186601500
65.7 %65.7 %
Old World monkeys (Cercopithecidae)2271021113727870
16.4 %36.0 %
Rhinopithecus17880175942860
72.4 %72.4 %
Old World monkeys (Cercopithecinae)773007436518701065
36.3 %56.9 %
Macaques (Macaca)336353250511300
71.7 %71.7 %
New World monkeys (Platyrrhini)1933917810946583
27.4 %44.3 %
Cebidae31662313613010
62.2 %62.2 %
Wet nose lemurs (Strepsirrhini)15060149637225
33.8 %45.5 %
Lemuriformes31211309182930
58.1 %58.1 %
Laurasiatherian mammals (Laurasiatheria)887528251015514691
4.4 %17.7 %
Bats (Chiroptera)1478813646321110
1.2 %42.7 %
Microchiroptera99489928200
65.0 %65.0 %
Insectivores (Eulipotyphla)53775355220
68.2 %68.2 %
Equus183141708312310
77.7 %77.7 %
Cetaceans and Even-toed ungulates (Artiodactyla)5861757463720434
18.5 %29.6 %
Pecora41044380122078954
30.8 %45.0 %
Bovids (Bovidae)22638209831251404
44.2 %58.5 %
Bovinae20678184559061317
20.1 %49.3 %
Oxen, cattle (Bos)547035290318000
66.5 %66.5 %
Caprinae16440160683720
70.8 %70.8 %
Suina16480162811990
71.9 %71.9 %
Camelidae964595211240
59.7 %59.7 %
Whales & dolphins (Cetacea)1870117653708340
29.1 %43.0 %
Tooth whales (Odontoceti)4976448883576305
34.3 %52.5 %
Monodontidae1599015900900
71.7 %71.7 %
Carnivores (Carnivora)2132920560312457
12.9 %31.7 %
Cat family (Felidae)1836317598513252
37.9 %56.5 %
Panthera32583323482350
62.3 %62.3 %
Caniforms (Caniformia)3838637715414257
23.2 %37.5 %
Dog, coyote, wolf, fox (Canidae)1862717434811382
45.2 %66.5 %
Gray wolf (Canis lupus)17348167476010
75.7 %75.7 %
Mustelinae15664153782860
69.8 %69.8 %
Bears (Ursidae)1671916274281164
36.4 %57.7 %
Ursus14538142183200
65.3 %65.3 %
Frogs & toads (Anura)15366146607060
73.8 %73.8 %
Jawless vertebrates (Cyclostomata)618954047850
65.4 %65.4 %
Arthropods and nematodes (Ecdysozoa)37413663780
64.7 %64.7 %
<p>On the 9th July tools (eg BLAST, VEP, etc) will be unavailable on this site for about 90 minutes starting at 1200 (UTC). This is needed for us to carry out essential maintenance. All other aspects of the site will be unnaffected. We apologise for any inconvenience this may cause.</p>